Den wenigsten ist bekannt, dass eine Allergie auch den Rachen in Mitleidenschaft ziehen kann. Bei einigen Personen kommt es durch das Einatmen der Pflanzenpollen zu einem rauen, kratzigen Gefühl im Rachen, das mit Halsschmerzen verwechselt werden kann.

Im Gegensatz zu einer Halsentzündung im Rahmen von Infekten kommt bei der „Pollenpharyngitis“ aber oft Juckreiz hinzu. Ähnliche Beschwerden treten beim so genannten „oralen Allergiesyndrom“: Beißt zum Beispiel ein Birkenpollenallergiker in einen frischen Apfel, kommt es häufig zu Juckreiz und Kribbeln im Rachen, gelegentlich schwillt auch die Schleimhaut an, in manchen Fällen kann Atemnot hinzukommen. Ausgelöst werden die Beschwerden durch Bestandteilen in Äpfeln, die in ähnlicher Weise auch in Birkenpollen enthalten sind. Man spricht hier von Kreuzallergien.